Thời kỳ ủ bệnh thường từ 2 đến 5 ngày (thay đổi từ 1 đến 10 ngày).

Hầu như tất cả các tổ chức niêm mạc đều có thể biểu hiện bệnh. Để thuận tiện trong thực hành lâm sàng, bệnh bạch hầu thường được phân chia thành các thể tùy theo vị trí biểu hiện.

Bạch hầu mũi trước thường khó phân biệt với các bệnh lý viêm mũi họng cấp khác trên lâm sàng. Bệnh cũng biểu hiện bằng xuất tiết mủ-nhầy (chất xuất tiết chứa cả mủ lẫn dịch tiết niêm mạc) đôi khi có lẫn máu. Thường sẽ phát hiện được một màng trắng ở vách ngăn mũi nếu thăm khám cẩn thận. Thể bệnh này thường tương đối nhàng vì độc tố ở vị trí này ít được hấp thu vào máu. Điều trị nhanh chóng bằng kháng độc tố và kháng sinh.

Bạch hầu họng và hạnh nhân là thể bệnh thường gặp nhất của bạch hầu. Nhiễm trùng tại vị trí này thường kèm theo sự hấp thu độc tố vào máu rất nhiều. Khởi phát viêm họng thường âm ỉ. Bệnh có thể biểu hiện sớm bằng các dấu hiệu như mệt mỏi toàn thân, đau cổ họng, chán ăn, sốt nhẹ. Sau 2 đến 3 ngày, một lớp màng màu trắng xanh xuất hiện và lan rộng dần. Màng giả có thể chỉ khu trú ở khu vực hạnh nhân (tên gọi thông thường là A-mi-đan) hoặc có thể lan rộng bao phủ cả màn hầu. Thường khi bệnh nhân đến với thầy thuốc thì lớp màng giả này đã chuyển sang màu xanh xám hoặc màu đen nếu có chảy máu. Chu vi của lớp màng giả này chỉ có biểu hiện sưng nề nhẹ. Nếu cố gắng bóc lớp màng này ra thì dễ dàng gây chảy máu. Nếu màng giả lan rộng thì có thể gây tắc nghẽn đường hô hấp.

Bệnh nhân có thể lành bệnh nhưng nếu độc tố được hấp thu với lượng nhiều thì có thể có những biểu hiện nhiễm độc như phờ phạc, xanh tái, mạch nhanh, đờ đẫn, hôn mê và có thể tử vong trong vòng 6 đến 10 ngày. Sốt thường không cao mặc dù bệnh nhân biểu hiện nhiễm độc cực kỳ nặng nề. Bệnh nhân mắc bệnh nặng có thể biểu hiện phù nề vùng dưới hàm và sưng các hạch bạch huyết vùng cổ tạo nên một dấu hiệu lâm sàng rất đặc trưng gọi là dấu hiệu bạnh cổ bò (bullneck).

Bạch hầu thanh quản có thể do bạch hầu họng lan xuống nhưng cũng có thể do bệnh tại chỗ. Đây là thể bệnh tiến triển nhanh và cực kỳ nguy hiểm. Dấu hiệu lâm sàng gồm sốt, khàn giọng, ho giống ông ổng như chó sủa (barking cough). Do thanh quản là nơi hẹp nhất của đường thở nên nếu màng giả mạch hầu phát triển ở đây, nguy cơ gây tắt nghẽn đường thở rất nhanh đưa đến hôn mê và tử vong.

Bạch hầu da thường gặp ở những vùng nhiệt đới có thể do nơi đây tỉ lệ bệnh lưu hành cao hơn và nhiều người có miễn dịch tự nhiên với bệnh. Đây là một thể bệnh nhẹ và chúng gây bệnh thường không sinh độc tố. Biểu hiện có thể dưới hình thức một ban da bong vảy hoặc một vết mạn tính có bờ rõ.

Bạch hầu ở các vị trí khác có thể gặp là kết mạc mắt, niêm mạc vùng âm hộ-âm đạo hoặc lỗ tai ngoài.